أنشئت أمانة المكتبات بجامعة القرآن الكريم وتأصيل العلوم في العام 1428هـ الموافق له 2008م ومقرها مدينة ودمدني، وهي تسعى لتوفير المصادر والمراجع العلمية المتنوعة حسب التخصصات المختلفة بالجامعة، وتضم الأمانة مجموعة من المكتبات الفرعية داخل ولاية الجزيرة، وعددها (17) مكتبة.
بدأت عمادة المكتبات بولاية الجزيرة كفرع من مكتبة جامعة القرآن الكريم والعلوم الإسلامية.
بعد صدور قانون جامعة القرآن الكريم وتأصيل العلوم أصبحت عمادة المكتبات ضمن عمادات الجامعة المستقلة.
